Razpisi diplomskih nalog

[31.5.2009] Martina Lužnik, IBŠ UP ZRS: Populacijska (varstvena) genetika izbrane skupine malih sesalcev

Inštitut za biodiverzitetne študije pri Znanstveno-raziskovalnem središču Koper (ZRS) išče študenta biologije (absolventa), ki bi tu opravljal diplomsko nalogo.

Mentorja: prof. dr. Boris Kryštufek in doc. dr. Elena Varljen Bužan

Tema: Populacijska (varstvena) genetika izbrane skupine malih sesalcev (natančen naslov bo določen naknadno). Diplomska naloga bo obsegala nekaj terenskega dela (zbiranje vzorcev - v manjši meri), delo v molekularno-genetskem laboratoriju (izolacija DNA, PCR in analiza mikrosatelitov) in statistično obdelavo podatkov. Študent bo molekularne analize opravil v laboratoriju UP ZRS v Izoli, zato je zaželeno bivanje na Obali. Študent bi poleg tega opravljal pomoč pri tehničnem delu, za kar bo zagotovljeno plačilo.

Kontakt: elena.buzanzrs.upr.si

[19.5.2009] dr. Meta Virant-Doberlet, NIB: Etologija in evolucija škržatkov

Na Oddelku za entomologijo na Nacionalnem inštitutu za biologijo iščemo mladega raziskovalca/raziskovalko. Razpis je bil objavljen 17. aprila 2009 in je objavljen na spletni strani NIB. MR bo opravljal delo pod mentorstvom dr. Mete Virant-Doberlet. Področje dela je etologija in evolucija. Objekt raziskav so škržatki iz rodu Aphrodes in namen dela so nova spoznanja o mehanizmih divergence spolnih signalov, ki vodijo do nastanka reproduktivne izolacije ter bo pomemben doprinos k razumevanju splošnih osnovnih mehanizmov evolucije komunikacije.

Rok za oddajo je do 17. junija 2009. Informacije: dr. Meta Virant-Doberlet (meta.virantnib.si) , tel.: 01/423-33-88, int. 380.

[1.2.2009] prof. dr. Marina Dermastia, NIB: Interakcije med rastlinami (predvsem vinsko trto) in fitoplazmami

V kratkem bo na NIB objavljen razpis za mlade raziskovalce. Prof. Dermastia vabi zainteresirane kandidate, da se oglasijo na neformalni predrazpisni pogovor.

IZHODIŠČE RAZISKAVE IN UMESTITEV V RAZISKOVALNI PROJEKT Predlagano raziskovalno delo mladega raziskovalca bo povezano z raziskovalnim projektom "Proučevanje trsne rumenice in inducirane rezistence na to bolezen na molekularnem nivoju". Bolezen povzročajo fitoplazme, ki sestavljajo skupino najmanjših patogenih bakterij v razredu Mollicutes. Imajo specifično parazitsko življenje, zaradi katerega jih ni mogoče gojiti v kulturi in je njihova karakterizacija možna le na molekularni ravni. Med rastlinami jih prenašajo žuželke, ki se hranijo s floemskim sokom. Fitoplazme okužujejo več kot 700 rastlinskih vrst in povzročajo bolezenska znamenja kot so pritlikava rast, rumenenje, grmičasto razrast poganjkov, filodija, zelenenje cvetnih delov in včasih posušitev rastline. Fitoplazme imajo širok krog rastlinskih gostiteljev, tako med enokaličnicami kot dvokaličnicami; prav tako so z njimi povezane številne bolezni pomembnih poljščin. Kako je obseg škode povezan s količino fitoplazem v gostitelju ni jasno, saj v gostiteljskih organizmih niso številčne in so v njih neenakomerno razporejene.To otežuje njihovo določanje v rastlinah, kakor tudi spremljanje fiziologije patogeneze. Predhodne raziskave, vključno z raziskavo, v kateri smo z genskimi mikročipi neusmerjeno pregledovali delovanje več tisoč genov hkrati in tako sočasno proučevali kompleksne metabolne in signalne poti med rastlino in fitoplazmami, kažejo, da naj bi bil razvoj bolezni povezan tudi z oksidativnim stresom in porušenim hormonskim ravnotežjem. Ali se to v rastlini v resnici dogaja, za enkrat ni potrjeno.

DELOVNŽHIPOTEZA V predlaganem projektu bo mladi raziskovalec testiral hipotezo, da so bolezenska znamenja rastlin, okuženih s fitoplazmami, na encimski ravni rezultat spremenjega delovanja encimov, ki so vključeni v sladkorni metabolizem in na hormonski ravni rezultat spremenjenega metabolizma rastlinskih hormonov citokininov.

CILJI, METODOLOGIJŽIN PREDVIDENI REZULTATI V nalogi bo mladi raziskovalec proučeval tako fitoplazme, kot tudi fiziologijo z njimi okuženih rastlin v naravi ali umetno okuženih v laboratoriju. Cilje naloge bo dosegel z uporabo pristopov genomike, transkriptomike, proteomike in metabolomike, ki bodo vključevali: (1) poglobljeno analizo vzorcev izražanja genov, ki bodo izbrani na osnovi predhodnih analiz transkriptomskih mikročipov, z uporabo PCR v realnem času; (2) biokemijsko raziskavo specifičnih encimov, vključenih v sladkorni metabolizem; (3) biokemijsko analizo specifičnih encimov, vključenih v oksidativni stres; (4) biokemijsko analizo rastlinskih hormonov citokininov, domnevno vključenih v patogenezo. Znanje, pridobljeno v predlagani raziskavi, bo prispevalo k razumevanje fiziologije različnih boleznih, ki jih povzročajo fitoplazme in je danes še zelo rudimentarno.

Kontakt: marina.dermastianib.si

[1.2.2009] Uroš Rajčević, NIB: Ugotavljanje površinskih markerjev na možganskih tumorskih matičnih celicah malignih gliomov

Oddelek za genetsko toksikologijo in biologijo raka išče diplomanta/mladega raziskovalca za delo na projektu: Surface marker identification on brain tumor stem cells from malignant glioma/Ugotavljanje površinskih markerjev na možganskih tumorskih matičnih celicah malignih gliomov (mentorica: prof. dr. Tamara Lah-Turnšek). Kandidat(ka) bo sodeloval(a) pri proteomskih raziskavah na tumorigenih celicah malignih možganskih tumorjev (pridobljenih v sodelovanju z Nevrokirurško kliniko UKC v Ljubljani) in normalnih živčnih matičnih celicah s ciljem odkriti in ovrednotiti izražanje novih markerjev tumorigenih celic malignih gliomov. Zaželjen profil kandidata: mikrobiolog, biokemik, farmacevt, biolog, ipd. Delo z vzorci tkiva, celičnimi linijami, metodami proteinske biokemije in molekularne biologije. Kandidat(ka), ki bo uspešno diplomiral(a) z opisanega področja, bo lahko nadaljeval(a) delo na projektu kot mladi raziskovalec(ka), ki ga financira ARRS. Prijave s priporočilom in življenjepisom lahko pošljete do 28.02 na naslov uros.rajcevicnib.si.

[13.1.2008] dr. Gregor Anderluh, Oddelek za biokemijo OB: Priprava veziklov celičnih velikosti iz nativnih membran in njihova uporaba pri študiji tvorbe pore človeškega perforina

Vezikli celičnih velikosti (ang. ''giant unilamellar vesicles'', GUV) se v zadnjem času vedno več uporabljajo pri študiju procesov v lipidnih membranah. Z velikostjo 5- 100 ?m so podobnih velikosti kot evkariontske celice. So dobri vidni pod optičnim mikroskopom, kar je njihova glavna prednost v primerjavi z manjšimi vezikli. Veliko se uporabljajo tudi pri študiji proteinov, ki tvorijo pore saj omogočajo opazovanje prehajanja različno velikih molekul v notranjost ob hkratnem spremljanju oblike in velikosti vezikla.

Človeški perforin je pomembna komponenta celično-posredovane imunosti. V membrani tarčnih celic oligomerizira in tvori pore.

V prvem delu diplomskega dela bo študent preizkusil različne metode za pripravo veziklov celičnih velikosti iz nativnih bioloških membran. V drugem delu bo uporabil narejene vezikle za karakterizacijo por, ki jih tvori človeški perforin. Prehajanje različno velikih fluorescenčnih dekstranov skozi perforinsko poro bo opazoval s pomočjo fluorescenčne mikroskopije na mikroskopu AxioImager Z1 (Carl Zeiss, Nemčija), ki omogoča izdelavo optičnih rezin. Z delom se lahko prične takoj.

Vsi zainteresirani kandidati naj se oglasijo po e-pošti na gregor.anderluhbf.uni-lj.si ali tilen.praperbf.uni-lj.si.

Literatura:

• Baumgart T., Hammond A.T., Sengupta P., Hess S.T., Holowka D.A., Baird B.A. & Webb W.W. 2007. Large-scale fluid/fluid phase separation of proteins and lipids in giant plasma membrane vesicles. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 104, 3165-3170.
• Lingwood D., Ries J., Schwille P. & Simons K. 2008. Plasma membranes are poised for activation of raft phase coalescence at physiological temperature. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 105, 10005-10010.
• Montes L.R., Alonso A., Goni F.M. & Bagatolli L.A. 2007. Giant unilamellar vesicles electroformed from native membranes and organic lipid mixtures under physiological conditions. Biophys. J, 93, 3548-3554.
• Pipkin M.E. & Lieberman J. 2007. Delivering the kiss of death: progress on understanding how perforin works. Curr. Opin. Immunol., 19, 301-308.
• Pott T., Bouvrais H. & Meleard P. 2008. Giant unilamellar vesicle formation under physiologically relevant conditions. Chem. Phys. Lipids, 154, 115-119.

[11.11.2008] dr. Bojana Žegura, NIB: Ugotavljanje genotoksičnosti izbranih kemijskih karcinogenov s celicami človeškega hepatoma (HepG2) z vgrajenim poročevalskim genom za zeleno fluorescenco

Nedavno smo razvili novo celično linijo, ki smo ji vgradili poročevalski gen za zeleno fluorescenco vezan na promoter gena, ki se odzove na poškodbe DNA. Nova celična linija je namenjena hitri detekciji genotoksičnih snovi. Kandidat(ka) bo s pomočjo fluorimetrije in pretočne citometrije proučil odzivnost celic na izpostavljenost izbranim modelnim karcinogenim snovem, z znanimi mehanizmi genotoksičnega in karcinogenega delovanja.

Delo bo potekalo pod mentorstvom doc. dr. Metke Filipič (metka.filipicnib.si) na Oddelku za genetsko toksikologijo in biologijo raka

[10.10.2008] Razpis diplomskih nalog na Oddelku za genetsko toksikologijo in biologijo raka Nacionalnega inštituta za biologijo

Na oddelku za genetsko toksikologijo in biologijo raka razpisujemo diplomske naloge za študente Biotehniške fakultete smeri biologija, mikrobiologija kot tudi študente Biokemije in Farmacije. Raziskave v laboratoriju potekajo na bakterijskih in celičnih kulturah pri čemer uporabljamo sodobne metode fluorescentne mikroskopije, spektrometrije, pretočne citometrije kot tudi molekularne biološke tehnike. Več o delu skupine in vsebinah raziskovalnega dela, si lahko ogledate na internetni strani: www.nib.si. Trenutno so na voljo diplomske naloge z okvirnimi naslovi Določanje genotoksičnosti mutagenov ter Mehanizem delovanja cianobakterijskega toksina nodularina.

V kolikor kandidate za delo v laboratoriju zanima kakšna druga tema, ki ni razpisana, se pa v laboratoriju s podobno tematiko ukvarjamo, naj se zainteresirani oglasijo na Oddelku.

Mentor: doc.dr. Metka Filipič ali dr. Bojana Žegura, bojana.zeguranib.si.

Nazaj | Na vrh strani