Razpisi diplomskih nalog

[21.6.2008] prof. Matic Legiša, Kemijski inštitut: Regulacija primarnega metabolizma pri raku

Prijavijo se lahko absolventi biokemije, kemije (smer biokemija), mikrobiologije ali biologije (smer molekularna biologija). Raziskovalno delo se bo predvidoma začelo septembra.

Več informacij: prof. Matic Legiša, Kemijski inštitut, Hajdrihova 19, Ljubljana (matic.legisaki.si)

[20.5.2008] asist. dr. Nataša Debeljak, Inštitut za biokemijo MF: Mesto za mladega raziskovalca na področju eritropoetina in njegovega vpliva na rakaste celice

Opis področja dela: Eritropoetin (Epo) uvrščamo v skupino citokinov in podpira delitev, diferenciacijo in preživetje predstopnje eritrocitov v kostnem mozgu. Veže se na eritropoetinski receptor (EpoR) na površini celic in s tem sproži signalno pot potrebno za eritropoezo. Epo in EpoR sta prisotna tudi v mnogih nekrvotvornih tkivih in različnih tipih rakastih celic. Zdravljenje raka s kemoterapijo in obsevanjem je pogosto povezano s pojavom anemije, ki rakastim bolnikom še dodatno poslabša kakovost življenja. Rekombinantni humani eritropoetin (rHuEpo) se uporablja kot podporno zdravilo za odpravo anemije. Toda nekatere novejše dolgoročne študije okrevanja bolnikov po zaključku kemoterapije so opozorile na pazljivost pri uporabi rHuEpo pri bolnikih z rakom.
Mladi raziskovalec bo vključen v zbiranje in analizo vzorcev bolnic v okviru projekta "Vpliv rekombinantnega humanega eritropoetina na izražanje genov in prenos signala pri raku na dojkah", ki poteka v sodelovanju z Onkološkim inštitutom, Kliničnim centrom Ljubljana in Harvard Medical School, Boston, ZDA. Namen študije je postaviti model molekularnega mehanizma delovanja rHuEpo (izražanje RNA, prenos Epo signala) na rakasto tkivo pri bolnicah, ki jih zdravijo s kemoterapijo. Vzporedno bo potekala analiza delovanja rHuEpo na različnih celičnih linijah raka dojke.

Priporočena znanja: delo s celičnimi linijami, Western blot, PCR
Pogoj: povprečna ocena najmanj 8, opravljena diploma pred septembrom 2008, starost do 28 let
Začetek dela: november 2008 (začetek financiranja ARRS)
Prijava na mesto poteka do 27. junija (več o tem). Potencialni kandidati naj me kontaktirajo po emailu.

Mentor:
asist.dr. Nataša Debeljak (natasa.debeljakmf.uni-lj.si)
Center za funkcijsko genomiko in bio-čipe
Inštitut za biokemijo
Medicinska fakulteta Univerze v Ljubljani

[15.4.2008] prof. dr. Nina Gunde-Cimerman: Določanje biološke aktivnosti nanodelcev

Hiter razvoj nanotehnologije predstavlja velik potencial, predvsem v gospodarstvu. Nanodelce danes najdemo pri proizvodnji naraščajočega števila različnih izdelkov kot so antibakterijske tekstilije, pri proizvodnji barv, keramike, polimernih nanokompozitov in katalizatorjev v analitske ali medicinske namene, v gospodinjstvu, elektroniki, proizvodnji kozmetičnih pripravkov in podobno. Kljub široki uporabi pa predstavljajo možno nevarnost tako za okolje kot za zdravje. Zaradi pomanjkanja informacij s tega področja je namen diplomske naloge raziskati biološko aktivnost nanodelcev.

Kandidat(ka) bo v okviru diplomskega dela s klasičnimi mikrobiološkimi metodami preučil(a) biološko delovanje različnih nanodelcev (ZnO, ZnCl₂, TiO₂, Ag in drugih).

Diplomsko delo je primerno za študente biologije in mikrobiologije. Delo bi se pričelo takoj. Zainteresirani kandidati oz. kandidatke naj se za vse dodatne informacije obrnejo na prof. dr. Damjano Drobne na tel. št. 01/423-33-88 in e-pošto: damjana.drobnebf.uni-lj.si.

Mentor: prof. dr. Nina Gunde-Cimerman

[23.3.2008] dr. Simona Sušnik, Balkan trout restoration group, Oddelek za zootehniko BF: Razpisi tem diplomskih nalog

Iščemo študente za diplomske naloge z okvirnimi naslovi:

• Identifikacija in genotipizacija kandidatnih genov za obarvanost pri postrveh.
• Pregledovanje izbranih genomskih regij atlantskega lososa (Salmo salar).
• Pregled in analiza možnih vzrokov za deformities pri soškem lipanu s poudarkom na genetskih in prehranskih dejavnikih.
• Populacijsko genetska struktura soške postrvi v potoku Slatenik, kamor je bila vnesena leta 2001.

Za podrobnosti se obnite na naslove: simona.susnikbfro.uni-lj.si, andrej.razpetbfro.uni-lj.si ali ales.snojbfro.uni-lj.si, tel. 01 7217 912.

Mentorji bodočih diplomskih nalog, doc. dr. Simona Sušnik, dr. Aleš Snoj in asist. dr. Andrej Razpet so se v dosedanjem obdobju večinoma ukvarjali s filogeografijo, populacijsko in konzervacijsko genetiko salmonidov, v zadnjem času pa se posvečajo tudi raziskavam s področja genomike. Razpisane teme diplomskih nalog so vezane na delo v genetskem laboratoriju. Predvidoma naj bi laboratorijsko delo z analizo rezultatov trajalo 2-4 mesece.

Podrobnejši opis diplomskih nalog:

• Identifikacija in genotipizacija kandidatnih genov za obarvanost pri postrveh. Osnovni namen večjega projekta, ki trenutno poteka v skupini, je odkriti genetske označevalce, ki sovpadajo s specifično obarvanostjo soške postrvi (marmorirani vzorec). S pristopom primerjalne genomike bomo izbrali gene, za katere so tuji raziskovalci pri modelnih vrstah rib (Danio, Takifugu) potrdili, da sodelujejo pri tvorbi specifičnih kožnih vzorcev in posamezne regije teh genov skušali pomnožiti pri soški in potočni postrvi. Enonukleotidne zamenjave, ki bodo ločevale vzorce soških in potočnih postrvi, bomo z enostavnimi genotipizacijskimi testi testirali na vzorcih F2 generacije križancev med soško in potočno postrvjo in ovrednotili, ali genotip sovpada z vzorcem obarvanosti pri F2 generaciji križancev.
• Pregledovanje izbranih genomskih regij atlantskega lososa (Salmo salar). Izbrane genomske regije v obliki BAC klonov bomo pregledovali s fingerprinting analizo. Restrikcijske profile BAC klonov, izoliranih iz genomske BAC knjižnice lososa, bomo računalniško obdelali, določili prekrivanja BACov, s pomočjo hibridizacije izbrali klone, ki vsebujejo celotne gene, ki nas zanimajo, in določili njihova nukleotidna zaporedja. Na osnovi teh zaporedij bomo v ohranjenih regijah gena določili oligonukleotidne začetnike, s katerimi bomo pomnožili in določili nukleotidna zaporedja regijam gena tudi pri potočni postrvi (Salmo trutta).
• Pregled in analiza možnih vzrokov za deformities pri soškem lipanu s poudarkom na genetskih in prehranskih dejavnikih. Soški lipan je močno ogrožena endemna vrsta, katere repopulacija temelji na njegovi ribogojniški vzreji. Pravzaprav je ribogojniška vzreja edini način za njegovo ohranitev in rehabilitacijo. Pri ribogojniški vzreji pa prihaja do določenih problemov; eden večjih je fizični deformities, ki se kaže kot ukrivljenost telesa, ki močno prizadene splošno viabilnost in reprodukcijske sposobnosti deformiranih osebkov. Možnih vzrokov je več in vključujejo tako prehranske, genetske kot infekcijske dejavnike oz. njihove interakcije. Namen diplomske naloge je zbrati ustrezno literaturo, reanalizirati in integrirati rezultate, ki so bili v zvezi s to deformacijo do sedaj pridobljeni na osnovi nekaterih med seboj nepovezanih raziskav in podati strategijo za identifikacijo pravih vzrokov za to bolezen. Diplomska naloga je teoretične narave in predvidoma ne vključuje laboratorijskega dela.
• Populacijsko genetska struktura soške postrvi v potoku Slatenik, kamor je bila vnesena leta 2001. V juniju 2001 smo skupaj z Zavodom za ribištvo izvedli repopulacijo soških postrvi, ki so izvirale iz potoka Predilca, ki ga je pred tem uničil plaz v Logu pod Mangartom. V potok Slatenik je bilo vloženih 90 rib. Glede na večletna opazovanja populacije smo potrdili, da so se vložene soške postrvi dobro prilagodile na novo okolje in se v njem tudi uspešno razmnožujejo. Glede na generacijski čas postrvi predvidevamo, da potok naseljujejo postrvi druge in tretje generacije potomcev vloženih osebkov. Namen diplomske naloge je z različnimi genetskimi označevalci raziskati populacijsko strukturo (heterozigotnost, parjenje v sorodstvu, itd.) soške postrvi v potoku Slatenik in jo primerjati z znano populacijsko strukturo starševske populacije in drugih populacij čistih soških postrvi.

Več o skupini na njihovi spletni strani.

[15.3.2008] Dr. Nataša Stritih, NIB: Raziskave predparitvenega vedenja pri jamskih kobilicah Troglophilus neglectus in T. cavicola (Rhaphidophoridae)

Jamske kobilice vrst Troglophilus neglectus in T. cavicola so med najpogostejšimi členonožci, ki jih najdemo v podzemlju slovenskega krasa. Za razliko od dnevno aktivnih travniških murnov in kobilic, ki zvočno komunicirajo v času pred parjenjem, so nočno aktivne Rhaphidophoridae gluhe, tihe, večinoma vezane na temne in vlažne habitate. Medtem ko je življenjski cikel teh živali dobro poznan, vemo zelo malo o načinu njihove predparitvene komunikacije. Predstavniki tega rodu zelo verjetno komunicirajo s taktilnimi in kemičnimi signali, predvidevamo pa, da se tako kot številni drugi ravnokrilci sporazumevanjo tudi z vibracijskimi signali, ki se prevajajo preko podlage. Namen diplomske naloge je opisovanje vedenja jamske kobilice v predparitvenem obdobju in snemanje vibracijskih signalov. Za ta namen imamo na Oddelku za entomologijo na voljo posebno svetlobno in temperaturno kontrolirano komoro, ki omogoča opazovanje živali v pogojih, ki simulirajo naravne razmere.

Delo zahteva 2 do 3 mesece laboratorijskega in nekaj dni terenskega dela. Vse stroške povezane z izdelavo diplomske naloge bo kril Nacionalni inštitut za biologijo. Diplomant ima ob uspešnem delu možnost nadaljevati študij na podiplomskem nivoju na področju predlagane tematike kot mladi raziskovalec ob pogojih, ki jih zahteva Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije.

Mentor: prof. dr. Andrej Čokl (andrej.coklnib.si)
Delovni mentor: dr. Nataša Stritih (natasa.stritihnib.si)

[15.3.2008] Dr. Nataša Stritih, NIB: Morfološka karakterizacija različnih funkcionalnih skupin vibracijskih receptorskih nevronov pri jamskih kobilicah Troglophilus neglectus in T. cavicola (Rhaphidophoridae)

Vibracijski čut predstavlja enega glavnih senzoričnih kanalov, ki členonožcem omogočajo komunikacijo in orientacijo v prostoru. Večina vibracijskih receptorskih organov oz. senzil je nameščena na in v nogah. Subgenualni organ (SO) je specializiran vibroreceptorični hordotonalni organ številnih žuželk, ki je nameščen je v tibijah nog takoj pod "kolenskim" sklepom. Pri ravnokrilcih ležita tik ob SO še ena ali dve skupini hordotonalnih senzil, ki skupaj s SO tvorijo t.i. kompleksni tibialni organ (TO). Prek merjenja sumaričnih potencialov skupkov senzoričnih aksonov v nožnem živcu in merjenja aktivnosti posamičnih receptorskih enot v centralnem živčevju so bile ugotovljene različne funkcionalne skupine vibracijskih receptorjev, ki domnevno pripadajo različnim strukturnim delom tibialnega organa. Eden od namenov naloge je z obarvanjem celotnega volumna merjene receptorske celice, vse do položaja celičnega telesa v tibialnem organu, to strukturno-funkcionalno povezavo neposredno dokazati.

Medtem ko TO najbolje zaznava vibracije relativno visokega frekvenčnega območja (200 - 2000 Hz), se na vibracije podlage nižjih frekvenc odzivajo tudi različni proprioreceptorični organi oz. senzile, ki v centralno živčevje posredujejo za gibanje pomembno informacijo o legi in premikanju okončin. Ti receptorji so v primerjavi s tibialnim organom na vibracije precej manj občutljivi. V nasprotju s temi podatki pa raziskave mreže vibracijsko občutljivih internevronov pri jamski kobilici T. neglectus kažejo, da je centralno živčevje najbolj občutljivo prav na vibracije nizkih frekvenc. Domnevamo, da to vibracijsko informacijo v centralni živčni sistem posreduje za vibracije specializirana skupina nevronov femoralnega hordotonalnega organa, ki ne sodeluje pri propriorecepciji. Namen naloge je morfološko identificirati tudi te receptorske nevrone, ki jih bomo tako kot receptorje tibialnega organa poiskušali napolniti z barvilom vse od mesta registracije v centralnem živčevju prek celotnega aksonalnega vlakna do izvora na periferiji.

Vse stroške povezane z izdelavo diplomske naloge bo kril nacionalni inštitut za biologijo. Diplomant ima ob uspešnem delu možnost nadaljevati študij na podiplomskem nivoju na področju predlagane tematike kot mladi raziskovalec ob pogojih Javne agencije za raziskovalno dejavnost Slovenije. Delo zahteva do 3 mesece dela v laboratoriju.

Mentor: prof. dr. Andrej Čokl (andrej.coklnib.si)
Delovni mentor: dr. Nataša Stritih (natasa.stritihnib.si)

[1.3.2008] Doc. dr. Patricija Mozetič, MBP: Obvestilo absolventom Oddelka za biologijo

Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS) je odobrila mentorstvo za mladega raziskovalca/raziskovalko v letu 2008. Mentorica je doc. dr. Patricija Mozetič z Morske biološke postaja v Piranu, Nacionalni inštitut za biologijo.

Raziskovalno področje, v katerem bo potekalo usposabljanje mladega raziskovalca, so biološke discipline, znanstveno področje mentorice pa morska biologija in ekologija voda na splošno. V ožjem smislu pa so to predvsem ekološke in ekofiziološke raziskave fitoplanktona.

Delo mladega raziskovalca bo usmerjno v meritve primarne fitoplanktonske produkcije (in spremljajočih parametrov), ki bodo potekale tako na morju kot v laboratoriju. Poudarek bo tudi na meritvah svetlobe in poznavanju osnovnih svetlobnih principov v procesu fotosinteze. Mladi raziskovalec bo osvojil tudi druga področja ekologije in biologije fitoplanktona, seznanil se bo tudi z vzorčevanjem na morju (delo na raziskovalni ladji). Usposabljanje mladega raziskovalca bo potekalo na Morski biološki postaji v Piranu, ki so jo v letu 2005 popolnoma obnovili in opremili, tako da so pogoji dela zelo dobri.

Vse zainteresirane kandidate, ki želijo spoznavati ekologijo in biologijo morskega fitoplanktona in ki jih tudi veseli terensko delo ter bodo spoljnevali pogoje za status mladega raziskovalca v oktobru 2008, vabim, da pridobijo dodatne informacije (po predhodni najavi na e-mail naslovu: mozeticmbss.org).

Piran, 22.2.2008

[21.2.2008] dr. Nataša Stritih, NIB: Raziskave predparitvenega vedenja ter reakcij na vibracije podlage pri jamski kobilici Troglophilus neglectus (Rhaphidophoridae)

Jamske kobilice vrst Troglophilus neglectus in T. cavicola so med najpogostejšimi členonožci, ki jih najdemo v podzemlju slovenskega krasa. Za razliko od dnevno aktivnih travniških murnov in kobilic, ki zvočno komunicirajo v času pred parjenjem, so brezkrile Rhaphidophoridae gluhe, tihe, večinoma vezane na temne in vlažne habitate. O načinu njihove predparitvene komunikacije vemo zelo malo. Predstavniki tega rodu zelo verjetno komunicirajo s taktilnimi in kemičnimi signali. Pri komunikaciji te vrste imata prav gotovo pomembno vlogo tako taktilna kot kemična komunikacija, predvidevamo pa, da se tako kot številni drugi ravnokrilci sporazumevanjo tudi z mehanskimi signali, ki se prevajajo preko podlage. Vibracijski signali iz okolja imajo za žival hkrati tudi opozorilno vlogo. Namen diplomske naloge bi bil tako opisovanje vedenja jamske kobilice v predparitvenem obdobju in snemanje vibracijskih signalov, drug vidik pa opisovanje morebitnih reakcij na vibracije izven konteksta parjenja. Delo zahteva približno 2 meseca laboratorijskega in nekaj tednov terenskega dela. Vse stroške povezane z izdelavo diplomske naloge krije Nacionalni inštitut za biologijo. Diplomant ima ob uspešnem delu možnost nadaljevati študij na podiplomskem nivoju na področju predlagane tematike kot mladi raziskovalec ob pogojih, ki jih zahteva Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije.

Kontakt:
Mentor: prof. dr. Andrej Čokl (andrej.coklnib.si)
Somentor: dr. Nataša Stritih (natasa.stritihnib.si)

[17.2.2008] prof.dr. Alenka Gaberščik, katedra za ekologijo rastlin OB: Diplomska dela v Raziskovalni skupini za ekologijo rastlin

Vpliv sprememb vodostaja na aktivnost in mikorizno kolonizacijo navadnega trsta (Phragmites australis)
Terensko in laboratorijsko delo (v somentorstvu s prof. Regvarjevo). Sestoji navadnega trsta pokrivajo obsežna območja Cerkniškega jezera, tudi lokacije, ki se razlikujejo glede na obseg sprememb vodostaja. Na posameznih lokacijah nas zanima, kako se na spremembe vodostaja odzovejo rastline navadnega trsta s fotosintezo, transpiracijo in fotokemično učinkovitostjo, ter razlike v kolonizaciji korenin navadnega trsta z mikoriznimi glivami s teh lokacij.

Kolonizacija z mikoriznimi glivami glede na gradient vsebnosti vode v tleh pri vrstah Carex elata, Schoenus ferrugineus in Schoenus nigricans
Pretežno laboratorijsko delo (v somentorstvu s prof. Regvarjevo). Zanima nas kolonizacija korenin z arbuskularno-mikoriznimi glivami pri vrstah Carex elata, Schoenus ferrugineus in Schoenus nigricans na različnih lokacijah Cerkniškega jezera glede na vsebnost vode v tleh ter količino prisotnega aerenhima v koreninah.

Vpliv povečanega UV-B sevanja in suše na grah (ali drugo vrtnino ali kmetijsko rastlino)
Terensko (v Botaničnem vrtu) in laboratorijsko delo. Raziskujemo posamezne in skupne učinke obeh dejavnikov na procese (fotosintezno aktivnost, transpiracijo, dihanje, fotokemično učinkovitost PS II), biokemijske in morfološke značilnosti ter pridelek.

Makrofiti in okoljska ocena vodotoka ________
Pretežno terensko delo. Pregledamo vodotok od izvira do izliva in popišemo makrofite in morfološke značilnosti vodotoka. Trikrat v letu vzorčimo vodo za kemijske analize na izbranih lokacijah (6-8).

Dodatne teme:
Ekološke raziskave mokrotnih travnikov Cerkniškega jezera

[10.2.2008] izr. prof. dr. Maja Kovač, NIB: Fotosintezna aktivnost zdravega in z virusom okuženega krompirja

Bolezenski znaki z virusi okuženih rastlin so poznani, malo pa je znanega o fizioloških procesih, ki se sprožijo kot odgovor rastlin na okužbo. Poznano je, da so poškodbe tkiva pogosto povezane z razgradnjo klorofilov. V okviru predlaganega diplomskega dela bi se proučeval vpliv okužbe s krompirjevim virusom YNTN, ki povzroča bolezen imenovano prstanasta nekroza gomoljev, na fotosintesko aktivnost rastlin krompirja. Namen diplomskega dela je dopolniti naše predhodne analize genske ekspresije okuženih rastlin, ki kažejo, da se rastline odzovejo na okužbo med drugim tudi s spremembami v izražanju genov povezanih s fotosintezo. Predvidevati je, da se omenjene spremembe ekspresije genov odražajo tudi na nivoju dejanske fotosintezne vezave CO₂.
Da bi to predpostavko potrdili, bomo na rastlinah krompirja merili fotosintezno kapaciteto (hitrost fotosinteze ob optimalnem stanju glavnih okoljskih parametrov, ki nanjo vplivajo) pred okužbo in v več časovnih terminih po okužbi. Uporabljena bo metoda merjenja izmenjave CO₂ (merilnik LI6400 Licor). Izvedba praktičnega dela bo potekala v laboratorijih - rastnih komorah Oddelka za rastlinsko fiziologijo in biotehnologijo na Nacionalnem inštitutu za biologijo, kjer bo postavljen lončni poskus.

Mentorica: izr. prof. dr. Maja Kovač, Nacionalni inštitut za biologijo
Somentor: izr. prof. dr, Dominik Vodnik, Oddelek za agronomijo, BF

[10.2.2008] prof. dr. Nina Gunde-Cimerman, katedra za biologijo mikroorganizmov OB: Eksperimentalna evolucija ekstremno halotolerantne črne kvasovke Hortaea werneckii

Ker zasoljevanje poljedelskih površin pomeni vse večjo oviro pri pridelavi hrane, so se na sol tolerantni organizmi v zadnjih letih znašli v središču številnih raziskav, tako bazičnih, kot tudi aplikativnih. Diplomsko delo se bo osredotočilo na sev ekstremno halotolerantne kvasovke Hortaea werneckii, ki je 500 generacij rasla pri zelo visoki koncentraciji NaCl. Ugotavljali bomo morebitne spremembe, ki so se v tem času zgodile na različnih ravneh: hitrost rasti v različnih pogojih, izražanje genov, morfologija ipd. Diplomant(ka) bo spoznal(a) principe eksperimentalne evolucije ter več mikrobioloških in molekularnobioloških tehnik, kot so določanje hitrosti mikrobne rasti, verižna reakcija s polimerazo (PCR), izolacija in delo z DNA ter RNA idr. Delo bo potekalo predvidoma v letu 2008 na Katedri za biologijo mikroorganizmov Oddelka za biologijo BF pod mentorstvom prof. dr. Nine Gunde-Cimerman in delovnim mentorstvom Ceneta Gostinčarja.

Za dodatne informacije:
prof. dr. Nina Gunde-Cimerman
Katedra za biologijo mikroorganizmov
Oddelek za biologijo, Večna pot 111, 1000 Ljubljana
Biotehniška fakulteta, Univerza v Ljubljani
Tel.: 01 423 3388
e-mail: nina.Gunde-Cimermanbf.uni-lj.si

[10.2.2008] asist. Jerneja Ambrožič Avguštin, katedra za molekularno genetiko, OB: Razpis tem za diplomsko delo

1. Identifikacija genov, ki posredujejo odpornost proti antibiotikom v metagenomski DNA, izolirani iz različnih okolij. (npr. čistilne naprave,...)
2. Identifikacija genov za virulentne dejavnike bakterije Escherichia coli v metagenomski DNA, izolirani iz različnih okolij.
3. Frekvenca prenosa plazmidov in izbranih genov za virulenco med različnimi t.i. filogenetskimi skupinami bakterije Escherichia coli.
4. Identifikacija genov, ki posredujejo odpornost proti antibiotikom na uvoženem sadju.
5. Geni za virulenco in odpornost proti antibiotikom pri bakterijah vrste Escherichia coli, izoliranih iz pitne vode.
6. Možnost lateralnega prenosa in genetska analiza plazmida arktične bakterije iz rodu Janthinobacterium sp.
7. Iskanje bakterijskih sevov, ki izločajo beta-laktamaze z razširjenim spektrom delovanja (ESBL) v naravnih okoljih (npr. okolica farm,...).
8. Možnost transpozicije genskega sklopa oxa-1/aac(6')-Ib-cr/cat3 s pomočjo insercijske sekvence IS26 v sevih, ki izločajo beta-laktamaze z razširjenim spektrom delovanja (ESBL).
9. Pojavljanje mutatorskih sevov bakterije Escherichia coli v bazenih čistilnih naprav in onesnaženih vodah.
10. Pojavljanje mutatorskih sevov bakterij vrste Escherichia coli, ki izločajo beta-laktamaze z razširjenim spektrom delovanja (ESBL), izoliranih iz zdravstvenih zavodov med letoma 2005 in 2007.

V kolikor študente zanima kakšna druga tema, ki ni razpisana, se pa v laboratoriju s podobno tematiko ukvarjamo, naj se zainteresirani oglasijo pri meni osebno. Možno je tudi sodelovanje oziroma interdisciplinarno delo v sodelovanju s kolegi drugih kateder, v kolikor je delo v okviru zmožnosti našega laboratorija. Študenti naj v tem primeru pogovorijo in dogovorijo temo z mentorjem oziroma so-mentorjem iz obeh kateder. Za vse dodatne informacije sem dosegljiva v času vaj oziroma po dogovoru.

[10.2.2008] prof. dr. Marjana Regvar, katedra za fiziologijo rastlin OB: Razpis diplomskih nalog

V Laboratoriju za fiziologijo rastlin Oddelka za biologijo Biotehniške fakultete razpisujemo diplomske naloge s področja rastlinske fiziologije stresa (težke kovine in slanost) in mikorize.

Vpliv inokulacije ranega mošnjaka (Thlaspi praecox) z avtohtonim inokulumom z onesnaženega in neonesnaženega območja na mobilizacijo Zn
Mikorizne glive pomagajo rastlinam pri privzemu hranil in so prisotne tudi na področjih obremenjenih s težkimi kovinami. Vrsta rani mošnjak (Thlaspi praecox) je hiperakumulator Cd in Zn, kar pomeni, da v nadzemnih delih kopiči in tolerira izjemno velike koncentracije omenjenih kovin. Pomen avtohtonih mikoriznih gliv na privzem Zn bomo primerjali pri dveh populacijah vrste ranega mošnjaka in sicer z onesnaženega (Mežiška dolina) in ne-onesnaženega področja (Zaplana). Rastline bomo v rastlinjaku gojili na koncentracijski vrsti Zn in sicer 0 (=kontrola), 100, 250 in 500 mg Zn kg-1 substrata. Obe populaciji bomo gojili na obeh tipih inokuluma in na neinokuliranem substratu.

Pomen rastlinskih hormonov pri mikorizaciji ranega mošnjaka (Thlaspi praecox)
Rani mošnjak (Thlaspi praecox) sodi v družino križnic (Brassicaceae), ki veljajo za nemikorizne. Vrsta pa kljub temu tvori mikorizno simbiozo in sicer le v reproduktivni fazi, ko so potrebe po hranilih največje. V kontroliranih pogojih bomo preučevali pomen eksogenega dodajanja rastlinskih hormonov giberelinov, ki pospešujejo cvetenje, avksinov, ki pospešujejo tvorbo plodov in zavirajo lateralno rast rastlin, in abscizinske kisline, ki pospešuje staranje rastlin, na čas in stopnjo mikorizacije ranega mošnjaka z avtohtonimi in referenčnimi mikoriznimi glivami.

Sezonska dinamika privzema kovin v krmni ohrovt (Brassicaceae)
Na onesnaženem vrtu v Mežici (Mežiška dolina) smo zasadili krmni ohrovt. Zanima nas, ali so izbrane rastlinske vrste varno živilo za človeka, čeprav uspeva na tleh, ki so onesnažena s kovinami.
Tekom rastne sezone smo rastline povzorčili (n=5) štirikrat. V laboratoriju smo jih temeljito oprali in posušili na zraku. Posušene vzorce bomo stehtali in jih s tekočim dušikom zdrobili v fin prah, ki ga bomo mineralizirali z mešanico kislin HNO₃:HClO₄=7:1. Koncentracije Cd, Zn in Pb bomo izmerili z atomskim absorpcijskim spektrometrom (AAS). Koncentracije dostopne frakcije Cd, Zn in Pb v talnih vzorcih bomo po ekstrakciji z amonijevim acetatom prav tako izmerili z AAS. Vpliv sezone na koncentracijo kovin v rastlini bomo testirali z neparametričnim Kruskal-Wallis testom, razlike med koncentracijami pa z Mann-Whitney U testom pri p<0,05.

Sezonska dinamika privzema kovin v kolerabo (Brassicaceae)
Na onesnaženem vrtu v Mežici (Mežiška dolina) smo zasadili kolerabo. Zanima nas, ali so izbrane rastlinske vrste varno živilo za človeka, čeprav uspeva na tleh, ki so onesnažena s kovinami.
Tekom rastne sezone smo rastline povzorčili (n=5) štirikrat. V laboratoriju smo jih temeljito oprali in posušili na zraku. Posušene vzorce bomo stehtali in jih s tekočim dušikom zdrobili v fin prah, ki ga bomo mineralizirali z mešanico kislin HNO₃:HClO₄=7:1. Koncentracije Cd, Zn in Pb bomo izmerili z atomskim absorpcijskim spektrometrom (AAS). Koncentracije dostopne frakcije Cd, Zn in Pb v talnih vzorcih bomo po ekstrakciji z amonijevim acetatom prav tako izmerili z AAS. Vpliv sezone na koncentracijo kovin v rastlini bomo testirali z neparametričnim Kruskal-Wallis testom, razlike med koncentracijami pa z Mann-Whitney U testom pri p<0,05.

Sezonska dimanimika privzema kovin v belo gorjušico (Brassicaceae)
Na onesnaženem vrtu v Mežici (Mežiška dolina) smo zasadili belo gorjušico. Zanima nas, ali so izbrane rastlinske vrste varno živilo za človeka, čeprav uspeva na tleh, ki so onesnažena s kovinami.
Tekom rastne sezone smo rastline povzorčili (n=5) štirikrat. V laboratoriju smo jih temeljito oprali in posušili na zraku. Posušene vzorce bomo stehtali in jih s tekočim dušikom zdrobili v fin prah, ki ga bomo mineralizirali z mešanico kislin HNO₃:HClO₄=7:1. Koncentracije Cd, Zn in Pb bomo izmerili z atomskim absorpcijskim spektrometrom (AAS). Koncentracije dostopne frakcije Cd, Zn in Pb v talnih vzorcih bomo po ekstrakciji z amonijevim acetatom prav tako izmerili z AAS. Vpliv sezone na koncentracijo kovin v rastlini bomo testirali z neparametričnim Kruskal-Wallis testom, razlike med koncentracijami pa z Mann-Whitney U testom pri p<0,05.

Vloga melanina pri toleranci gliv iz skupine temno septiranih endofitov na povečane koncentracije kadmija in svinca
Čeprav so interakcije med rastlinami in DSE glivami pogosto nejasne, lahko izboljšajo mineralno preskrbo rastline. Poleg povečanja absorpcijske površine z ekstramatrikalnim micelijem, so za izboljašno preskrbo rastline pomembni tudi številni glivni encimi, ki lahko razgrajujejo kompleksne substrate in tako povečajo dostopnost snovi za glivno in rastlino. Izolate glivnih endofitov ive bomo nacepili na gojišča z različnimi koncentracijami Cd ali Pb. Polovici gojišč bomo dodali še EDTA kot inhibitor sinteze melanina. Rast micelija bomo spremljali z analizo slike, s katero bomo določali površino micelija. Po 1-2 mesecih bomo micelije ločili od agarja, jih namočili v pufersko raztopino za sproščanje kovin na celični steni in nato dele mladega in starega dela micelijo ločeno mineralizirali za določitev vsebnosti mineralov.

Vpliv AM in DSE gliv na vsebnost flavonoidov v koreninah navadne ajde (Fagopyrum esculentum) in tatarske ajde (F. tataricum)
Ajda sintetizira številne sekundarne snovi, med katere spadajo tudi flavonoidi. Njihova biološka vloga je zelo raznolika in vključuje tudi različne alelopatske, protimikrobne funkcije. Dokazana pa je bila tudi stimulacija rasti simbiontskih (AM) gliv ob dodajanju nekaterih flavonoidov. Navadno in tatarsko ajdo bomo inokulirali z izolati AM gliv in izolatom DSE glive izolirane iz korenin tatarske ajde. Po inokulaciji bomo spremljali rast rastlin, ovrednotili kolonizacijo, fotosintezne pigmente in vsebnosti flavonoidov in fenolov v koloniziranih rastlinah. Za analize flavonoidov bomo uporabili tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC).

Molekularna identifikacija endofitov osočnika (Salicornia europaea) in mrežice (Limonium angustifolium) ter njihova toleranca na povečano slanost
V slanih okoljih lahko najdemo številne glive, ki so različno prilagojene na razmere, ki prevladujejo na rastišči. V slanem okolju uspeva različne halotolerantne in halofilne glive, ki jih lahko ločujemo s pomočjo gojišč z različno vsebnostjo soli.
Izolate iz korenin, poganjkov in listov osočnika in mrežice bomo identificirali z molekularnimi metodami (sekvenciranje) in testirali njihovo toleranco na sol in sušo. V ta namen bomo izolate cepili na trdna gojišča z dodanimi različnimi koncentracijami soli (NaCl) ali glukoze. Med rastjo bomo spremljali rast izolatov in jo ovrednotili z analizo slike. V izolatih, ki so rastli na gojiščih z dodanim NaCl bomo ovrednotili tudi privzem Na⁺ v micelij.

Zainteresirani se zglasite pri predstojnici katedre prof. dr. Marjani Regvar (marjana.regvarbf.uni-lj.si)

[2.2.2008] Simona Strgulc Krajšek, katedra za botaniko OB: Razpis tem dveh diplomskih nalog

Skupina gozdne spominčice v Sloveniji
mentor: Nejc Jogan, delovna mentorica: Simona Strgulc Krajšek
Diplomska naloga je s področja sistematske botanike. Iz skupine gozdnih spominčic v Sloveniji uspevata dve vrsti gozdna (Myosotis decumbens) in polegla spominčica (M. sylvatica). Morfološko sta si vrsti zelo podobni, zato pri določevanju pogosto prihaja do zamenjav. Botaniki rastline najpogosteje določijo za vrsto M. sylvatica, ki v Sloveniji velja za pogostejšo.
Cilj diplomske naloge je revizija herbarijskega materiala, morfometrična obdelava obeh vrst spominčic, izdelava določevalnega ključa in zemljevidov razširjenosti v Sloveniji. Poleg dela s herbarijskim materialom je predvideno tudi nekaj terenskega dela v poletnem času (10 terenskih dni).
Možnost nadaljevanja dela za magisterij ali doktorat (molekularna sistematika, kariologija, obdelava celotnega rodu spominčic v Sloveniji).

Botanična učna pot v okolici Biološkega središča
mentor: Nejc Jogan, delovna mentorica: Simona Strgulc Krajšek
Diplomska naloga je namenjena študentom, ki jih zanimata botanika in izobraževanje. V okolici biološkega središča je na majhnem prostoru prisotnih veliko različnih življenjskih prostorov. Cilj diplomske naloge je pripraviti botanično učno pot v okolici biološkega središča in določiti približno 20 tematskih postaj v različnih habitatnih tipih.
Na vsakem postanku se predstavi habitatni tip, njegov naravovarstveni pomen, oriše združbo, pogoste in pomembne rastlinske vrste. Za vsak postanek se predvidi nalogo za različne nivoje in starostne skupine (vrtec, osnovna šola (več nivojev), srednja šola), ki se jo poveže z vsebinami iz učnih načrtov. Študent bo pripravil tudi vodnik po učni poti.

Dodatne informacije pri Simoni Strgulc Krajšek osebno ali po e-pošti simona.strgulcbf.uni-lj.si.

[2.2.2008] asist.dr. Mateja Erdani Kreft, Inštitut za biologijo celice, MF: Razpis tem dveh diplomskih nalog

Razporejanje mikrotubulov med diferenciacijo urotelijskih celic
Za normalno delovanje sečnega mehurja je pomembno, da epitelij, t.i. urotelij, preprečuje prehod patogenom in nekontrolirano prehajanje vode, ionov in strupenih, potencialno rakotvornih metabolitov iz urina v spodaj ležeče vezivno tkivo in krvožilje. Ključne pri zagotavljanju krvno-urinske bariere so visoko diferencirane površinske urotelijske celice, ki mejijo na lumen sečnega mehurja. Razporeditev mikrotubulov v različno diferenciranih urotelijskih celicah še ni poznana, predvideva pa se, da imajo mikrotubuli pomembno vlogo pri razporejanju molekul, ki so nujne za normalno diferenciacijsko pot urotelijskih celic.
Cilj diplomske naloge je preučiti razporejanje mikrotubulov med diferenciacijo urotelijskih celic v kulturi. Diplomant(ka) se bo naučil(a) priprave in gojenja sesalčjih urotelijskih celic v kulturi, imunooznačevanja mikrotubulov in za urotelijske celice specifičnih antigenov ter uporabe svetlobne mikroskopije.

Vpliv mikrotubulov na endocitotsko aktivnost urotelijskih celic
Epitelij sečnega mehurja, t.i. urotelij, preprečuje prehod patogenom in nekontrolirano prehajanje vode, ionov in strupenih, potencialno rakotvornih metabolitov iz urina v spodaj ležeče vezivno tkivo in krvožilje. Urotelij je zgrajen iz treh skladov celic; površinskega, vmesnega in bazalnega sklada celic. Urotelijske celice površinskega sklada, t.i. površinske urotelijske celice so visoko specializirane. Kar 90% njihove apikalne plazmaleme gradijo integralni transmembranski glikoproteini - uroplakini, ki skupaj z dobro razvitimi tesnimi stiki vzdržujejo krvno-urinsko bariero. Predvideva se, da h krvno-urinski barieri prispeva tudi nizka endocitotska aktivnost površinskih urotelijskih celic. Mehanizmi, ki urotelijskim celicam zagotavljajo nizko endocitotsko aktivnost še niso poznani, domneva pa se, da imajo pri tem pomembno vlogo tudi mikrotubuli.
Cilj diplomske naloge je preučiti vpliv mikrotubulov na endocitotsko aktivnost različno diferenciranih urotelijskih celic v kulturi. Diplomant(ka) se bo naučil(a) gojenja sesalčjih urotelijskih celic v kulturi, razgradnje mikrotubulov z nokodazolom in imunooznačevanja mikrotubulov. Stopnjo diferenciranosti urotelijskih celic bo ovrednotil(a) z imunooznačevanjem uroplakinov in proteinov tesnih stikov, stopnjo endocitotske aktivnosti pa s pomočjo endocitotskih označevalcev.

Več informacij: mateja.erdanimf.uni-lj.si

[2.2.2008] prof. dr. Gojmir Lahajnar, IJS: NMR študija sproščanja NO iz natrijevega nitroprusida v prisotnosti humanih eritrocitov ali ob dodatku tiolnih skupin

Predlog za mentorja in somentorja:
mentor: prof.dr. Gojmir Lahajnar (IJS),
somentor. prof.dr. Slavko Pečar (FFA UL).
Več informacij: gojmir.lahajnarijs.si

[2.2.2008] prof. dr. Ivan Kreft: Rast in razvoj mladih rastlin pri dveh genotipih ajde

Izhodišče: Mlade ajdove rastline so postale zaradi vsebnosti antioksidantov (flavonoidi) v zadnjih letih priljubljena sestavina prehrane v ZDA, v Koreji in na Japonskem. Vendar je ostalo neodgovorjenih nekaj pomembnih vprašanj o razlikah v poteku razvoja med dvema vrstama ajde (Fagopyrum esculentum in F. tataricum) in o snoveh v teh rastlinah.
Namen raziskave: Ugotoviti dinamiko spreminjanja biomase in suhe mase mladih rastlin ajde; ugotavljanje sprememb glede na vsebnost prehransko pomembnih sekundarnih metabolitov v mladih rastlinah v različnih časovnih intervalih. Ugotoviti optimalen čas uporabe rastlin glede na sestavo in količino biomase.
Metoda dela: Vzgoja mladih rastlin ajde v laboratorijskih razmerah, ugotavljanje biomase in suhe mase tekom rasti. Sušenje (liofiliziranje) in mletje rastlinskih vzorcev. Ugotavljanje vsebnosti skupnih flavonoidov, naftodiantronov in taninov na miktotitrskih ploščah. Kemične analize bo študentka/študent napravil na Fakulteti za farmacijo, Aškerčeva c., ostalo delo pa v laboratorijih Biotehniške fakultete.
Posebnosti: Naloga je primerna za študentko ali študenta, ki je pripravljen združiti razmišljanje z natančnostjo pri laboratorijskem delu za dosego zanimivih in pomembnih rezultatov.
Mentor: I. Kreft. Podrobnejše informacije dobite osebno od mentorja, za srečanje se dogovorite preko elektronske pošte: ivan.kreftguest.arnes.si.

[2.2.2008] doc. dr. Peter Veranič, Inštitut za biologijo celice, MF: Vpliv serumskega holesterola (LDL) na hitrost zaraščanja epitelne poškodbe in vitro

Sodobna medicina se ukvarja predvsem s problemi povišanega nivoja serumskega holesterola (LDL). Novejše študije pa kažejo, da nastopa znižan nivo serumskega holesterola pri znatnem deležu pacientov s kroničnimi okužbami in z rakastimi obolenji. Pogosto pri teh pacientih opažajo slabše celjenje ran. Znano je, da znižana koncentracija holesterola v celičnih kulturah upočasni preraščanje postrgane proge (model poškodbe) zaradi zaviranja nastanka medceličnih stikov. S študijo želimo ugotoviti vpliv zvišane oziroma znižane koncentracije LDL, kot fiziološkega nosilca holesterola, na hitrost zaraščanja postrgane proge v kulturi epitelnih celic. V nalogi bomo uporabili metode imunofluorescenčnega označevanja proteinov medceličnih stikov, analizo ultrastrukture s transmisijskim elektronskim mikroskopom in merjenje hitrosti preraščanja površine postrgane proge epitelnih celic v kulturi.
Kontakt: doc. dr. Peter Veranič, peter.veranicmf.uni-lj.si.

[30.1.2008] Prof. dr. David Stopar, katedra za mikrobiologijo OB: Predlog tem za diplomske naloge študentov biologije v študijskem letu 2007/08

(Predlagane teme so primerne za kandidate iz vseh usmeritev na dodiplomskem študiju Biologije)

• Določanje protimikrobnih aktivnosti bakterijskega pigmenta.
  Vibrio sp. izoliran iz Škocjanskega zatoka proizvaja rdeče barvilo. Barvilo spada v družino prodigiozinom podobnim molekulam in ima dokazano selektivno protibakterijsko delovanje. Predvidoma barvilo deluje antiglivno, antiprotozojsko, antimalarijsko in ima imunosupresivne in protirakave aktivnosti. V nalogi bi v dogovoru s kandidatko ali kandidatom določali protimikrobne aktivnosti in preverjali potencialne aplikacije omenjenega barvila pri kontroli mikrobne rasti.
• Komunikacijske spretnosti bakterije Vibrio sp.
  Bakterija Vibrio sp. proizvaja rdeč pigment, prodigiozin. Produkcija pigmenta je vezana na signalne molekule, ki se akumulirajo med rastjo. Ko je dosežena mejna koncentracija signalnih molekul, se vklopi QS (quorum sensing) mehanizem in pride do sprememb v izražanju tarčnih genov. V nalogi bi v dogovoru s kandidatko ali kandidatom določali katere okoljske signalne molekule omogočajo oziroma zavirajo delovanje komunikacijskega sistema bakterije Vibrio sp. povezanega s sintezo pigmenta.
• Produkcija biotehnološko zanimivega barvila.
  Barvilo izolirano iz bakterije Vibrio sp. je zelo obstojno na povišano temperaturo in svetlobo. Barva je odvisna od okoljskih faktorjev (pH, temperatura, slanost, vsebnost in sestava gojišča) in se spreminja od rumene do vijoličaste. Barvilo se z visoko afiniteto veže na plastične polimere in ga z običajnimi sredstvi ne moremo odstraniti. V nalogi bi v dogovoru s kandidatko ali kandidatom določali parametre, ki določajo obstojnost barvila v različnih naravnih in umetnih polimerih in s tem uporabno vrednost barvila.

Katedra za mikrobiologijo
Mentor: Prof. dr. David Stopar
Sodelavci, ki sodelujejo pri izvedbi projektov: dr. Tjaša Danevčič, Nejc Starič, univ. dipl. mikrobiol., Simona Leskovec, Alja Štraser

[30.1.2008] Doc. dr. Rok Romih, Inštitut za biologijo celice, MF: razpis tem diplomskih nalog

Raziskovalna skupina Inštituta za biologijo celice se ukvarja z raziskavami epitelija sesalčjega sečnega mehurja, urotelija. Osnovna naloga urotelija je preprečevanje izmenjave ionov in molekul med urinom in telesnimi tekočinami, kar zagotavlja specializirana apikalna plazmalema površinskih celic. Apikalna plazmalema se oblikuje med diferenciacijo urotelijskih celic, pri čemer sodelujejo številne komponente endovakuolarnega aparata. Pod mentorstvom doc. dr. Roka Romiha razpisujemo tematike za diplomske naloge:

1. Tridimenzionalna rekonstrukcija endovakuolarnega aparata v uroteliju
   Elektronska tomografija je edina metoda, ki omogoča prostorsko (3D) analizo membranskih celičnih organelov pri ločljivosti nekaj nanometrov in tako daje nov vpogled v njihovo strukturo in funkcijo. V površinskih urotelijskih celicah je endovakuolarni aparat kompleksen in usmerjen predvsem v nastajanje in transport specializirane apikalne plazmaleme ter odstranjevanje njenih poškodovanih delov. Diplomsko delo bo zajemalo pripravo vzorcev sesalčjega urotelija za presevno elektronsko mikroskopijo, elektronsko tomografijo rezin, računalniško analizo slik in izdelavo 3D modelov organelov endovakuolarnega aparata urotelijskih celic.
2. Struktura in funkcija multivezikularnih teles v uroteliju
   Multivezikularna telesa so osrednji membranski organel endovakuolarnega aparata celic, ki komunicirajo z golgijevim aparatom, apikalno plazmalemo in lizosomi. Z diplomsko nalogo bomo skušali podrobneje pojasniti vlogo multivezikularnih teles pri nastajanju in odstranjevanju specializirane apikalne plazmaleme površinskih urotelijskih celic. Pri tem bodo uporabljene metode svetlobne in elektronske mikroskopijo za anlizo strukture in za analizo zgradbe teh celičnih organelov.

Doc. dr. Rok Romih
Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta
Inštitut za biologijo celice
Lipičeva 2
Ljubljana
Tel.: 01 543 7687
e-mail: rok.romihmf.uni-lj.si

[31.1.2008] doc. doc. Rudi Verovnik, katedra za zoologijo OB: Razpis diplomskih tem

Področje: molekularne raziskave

• Ugotavljanje variabilnih mikrosatelitskih zaporedij pri vodnem osličku Asellus aquaticus.
  Diplomant bo iz že narejene mikrosatelistke knjižnice s sekvenciranjem preveril variabilnost različnih mikrosatelitskih fragmentov in njihovo uporabnost za populacijske raziskave. Mikrosateliti so večkratne ponovitve kratkih zaporedij (2-4 Bp) sekvenc katerih število je izredno variabilno in tako uporabno na nivoju raziskav odnosov med populacijami. Rezultati diplomske naloge bodo uporabljeni za nadaljnje raziskave - soavtorstvo pri znanstvenih člankih. Delo je izključno laboratorijsko in vsebuje predvsem sekvenciranje z že izoliranimi vzorci DNA. Obseg dela je približno 1 - 2 meseca.
• Ugotavljanje genskega pretoka med populacijami vodnega oslička Asellus aquaticus v porečju Ljubljanice s pomočjo mikrosatelitskih zaporedij.
  Diplomant bo z že izbranimi mikrosatelitskimi zaporedji pregledal razporeditev njihove variabilnosti v populacijah vodnega oslička iz dobro raziskanega sistema porečja Ljubljanice. V raziskavo bo vključeno 10 do 14 populacij iz tega območja, ki vključujejo tri morfološko različne podvrste iz površinskih in jamskih habitatov. Dosedanje raziskave še vedno ne dopuščajo natančnejše razmejite med potencialno ločenimi vrstami. S pomočjo variabilnejših mikrosatelitskih zaporedij bo preveril genski pretok med populacijami in s tem ugotovil morebitne genske bariere med potencialnimi vrstami. Rezultati diplomske naloge bodo objavljivi v znanstvenih člankih. Poleg laboratorijskega dela, kjer bo diplomant sekvenciral že izolirane vzorci DNA, se bo diplomant spoznal tudi z različnimi analitičnimi pristopi v populacijski genetiki. Obseg dela je približno 2 meseca.
• Filogenija družine Asellidae s posebnim poudarkom na rodu Asellus.
  Diplomant bo s pomočjo analize sekvenc genov ugotavljal sorodstvene odnose med rodovi in vrstami v družini Asellidae. Družina vključuje približno 10 rodov in je razširjena holarktično. Ker je zbiranje vzorcev še v teku, končnega števila analiziranih osebkov ni mogoče napovedati, vsekakor pa ne bo presegalo 40 osebkov. V analizo bodo vključeni trije geni (dva mitohondrijska in eden jedrni). Večji del naloge bo laboratorijski, kjer bo diplomant spoznal celoten postopek od izolacije DNA do sekvenciranja. Za ugotavljanje filogenetskih odnosov bo diplomant uporabil različne algoritme za izračuna filogenetskih dreves in jih med seboj primerjal. Tovrstna raziskava na družini Asellidae še ni bila narejena, torej bodo rezultati objavljivi v znanstvenih člankih. Obseg dela je približno 1 - 2 meseca.
• Ugotavljanje genskega pretoka med populacijami polža Ancylus fluviatilis v porečju Ljubljanice z analizo mitohondrijskih genov.
  Kot primerjalna raziskava z vodnimi oslički (Asellus aquaticus) bo vzporedno potekala primerljiva raziskava genskega pretoka na potencialno manj mobilnih organizmih s podobno razširjenostjo v sistemu porečja Ljubljanice. V raziskavo bo vključeno 10 do 14 populacij iz tega območja, ki vključujejo tako površinske, kot tudi jamske populacije. V analizo bosta vključena dva mitohondrijska gena. Večji del naloge bo laboratorijski, kjer bo diplomant spoznal celoten postopek od izolacije DNA do sekvenciranja. Diplomant se bo spoznal tudi z različnimi analitičnimi pristopi v populacijski genetiki. Rezultati diplomske naloge bodo objavljivi v znanstvenih člankih. Obseg dela je približno 2 mesece.
• Molekularna analiza kompleksa vrst Pieris rapae/bryoniae in pojasnitev izvora nižinske f. neobryoniae.
  S pomočjo analize sekvenc dveh mitohondrijskih genov bo diplomant preveril ločenost genskih skladov nižinske (Pieris rapae) in gorske (Pieris bryoniae) vrste in izvor nižinske f. neobryoniae, ki morfološko ustreza gorski obliki. Diplomant bo vzorčil tri populacije nižinske in gorske vrste, ter eno populacijo v kateri se pojavlja oblika neobryoniae. Skupaj bo v analizo vključenih 30 - 40 osebkov, uporabil pa bo sekvence variabilnejših regij mitohondrijske DNA. Dosedanje raziskave na alocimih so pokazale zelo ozko hibridno cono med populacijama obeh vrst v Švici, kar nakazuje ločenost genskih skladov. Diplomant bo sam opravil vzorčenje predhodno izbranih populacij. Večji del naloge bo laboratorijski, kjer bo diplomant spoznal celoten postopek od izolacije DNA do sekvenciranja. Diplomant se bo spoznal tudi z različnimi analitičnimi pristopi v populacijski genetiki. Rezultati diplomske naloge bodo objavljivi v znanstvenih člankih. Obseg dela je približno 1 - 2 mesece.
• Genetska variabilnost endemičnega Lorkovičevega rjavčka (Erebia calcaria) v Sloveniji
  Diplomant bo s pomočjo analize sekvenc mitohondrijske DNA skušal ugotoviti variabilnost in genetske odnose med populacijami Lorkovičevega rjavčka. Ta vrsta je endemit jugovzhodnih apneniških Alp in večji del njenega areala je v Sloveniji. Vrsta pri nas poseljuje več ločenih gorskih območij od Zahodnih Julijskih Alp do Ratitovca, zahodne Karavanke in verjetno zahodni del Kamniških Alp. Diplomant bo del vzorčenja opravil sam. V raziskavo bo vključenih 10 do 15 populacij s tremi osebki, analizirali pa bomo sekvence variabilnejših regij mitohondrijske DNA. Pri laboratorijskem delu bo diplomant spoznal celoten postopek od izolacije DNA do sekvenciranja. Diplomant se bo spoznal tudi z različnimi analitičnimi pristopi v populacijski genetiki. Rezultati diplomske naloge bodo objavljivi v znanstvenih člankih. Obseg dela je približno 1-2 meseca.

Diplomanti lahko predlagajo tudi svoje teme s področja molekularne sistematike in populacijske genetike, katerih laboratorijski del je mogoče izpeljati v ustreznem časovnem okviru na oddelku za Biologijo.

Področje: naravovarstvo, ekologija, favnistične raziskave metuljev in kačjih pastirjev

To področje je še bolj odprto za sugestije in želje diplomantov. Vsekakor priporočam vsem, ki jih širša problematika zanima, da se oglasijo z lastnimi idejami - včasih je dovolj že geografska opredelitev območja na katerem nameravajo opravljati terenske raziskave. Ker je večina raziskovalnega dela sezonske narave, naj se diplomanti oglasijo najkasneje do srede marca.

• Primerjava favne dnevnih metuljev na območju spodnjega dela doline potoka Drtijščica po izgradnji vodnega zbiralnika.
  Na podlagi predhodne naravovarstvene študije, ki je vključevala tudi natančen popis favne metuljev, bo diplomant s terenskim delom preveril spremembe v vrstni sestavi in razširjenosti dnevnih metuljev po izgradnji zbiralnika. Del preiskovanega območja se z izgradnjo ni spremenil, nastali pa so tudi novi antropogeni habitati. Naključne najdbe kažejo na precejšnje razlike, kar bo diplomant preveril in statistično ovrednotil. Predvsem bo pomembna primerjava med tako imenovanimi habitatnimi 'generalisti' in 'specialisti'. Slednji so bili pred izgradnjo zbiralnika zastopani z nekaterimi redkimi in ogroženimi močvirskimi vrstami. Delo je večinoma terensko in vključuje eno sezono letanja dnevnih od aprila do avgusta - okvirno 8 do največ 12 terenskih dni. Rezultati diplomske naloge bodo objavljivi v znanstvenih člankih. Obseg dela je približno 1-2 meseca.
• Vpliv zaraščanja suhih travnikov na spremembe v sestavi in pestrosti favne dnevnih metuljev na Krasu
  Suha termofilna travišča izstopajo po veliki vrstni pestrosti dnevnih metuljev. Zaradi negativnih demografskih trendov se raba takih travišč marsikje v Sloveniji opušča, kar bo imelo dolgoročno velik vpliv na favno dnevnih metuljev. Diplomant bo s pomočjo transektne metode kvantitativno ocenil razlike v številčnosti osebkov in razporeditvi vrst na sukcesijskem gradientu od odprtih, prek delno zaraščenih travišč do sklenjenega grmovja. Delo bo potekalo skozi eno sezono s tedenskim štetjem na transektih od srede maja do srede avgusta. Rezultati naloge bodo pomemben naravovarstveni argument za ohranjanje tradicionalne rabe suhih kraških travnikov in bodo objavljivi v znanstvenih člankih. Obseg dela je približno 1-2 meseca.
• Ugotavljanje velikosti populacij in migracij pri gozdnem postavnežu Euphydryas maturna na X (X= Koroškem, Pohorju, Kozjaku, Škofjeloškem hribovju, Polhograjskem hribovju)
  Diplomant bo z metodo individualnega označevanja in ponovnega ulova v času letanja odraslih osebkov ugotovil velikost lokalne (meta) populacije ogroženega gozdnega postavneža na X. Raziskovalno območje bo določeno v naprej in bo vključevalo več ločenih potencialnih habitatnih krp, v katerih bi se osebki te vrste lahko zadrževali. Delo bo večinoma terensko z vsakodnevnim označevanjem osebkov (ob ustreznem vremenu) v obdobju dveh do treh tednov. Vsak ulov bo georeferenciran, kar bo omogočalo izračune individualnih preletnih razdalj. Poleg tega bo diplomant beležil vedenja osebkov pred ulovom, uporabo nektarskih rastlin, ovipozicijskih rastlin, kar bo pripomoglo k boljšemu poznavanju ekoloških zahtev te vrste pri nas in njeno ustreznejše varovanje. Rezultati naloge bodo objavljivi v znanstvenih člankih. Obseg dela je približno 1-2 meseca.

Še nekaj naslovov, kjer so uporabljeni podobni pristopi in temeljijo na eni terenski sezoni:

• Vpliv intenzitete paše na pestrost metuljev suhih travišč
• Vloga antropogenih habitatov za ohranjanje pestrosti dnevnih metuljev v pretežno agrarni krajini - primer brežine kanalov za HE na Dravi
• Ugotavljanje velikosti populacij in migracij pri travniškem postavnežu Euphydryas aurinia na X
• Razširjenost in ocena velikosti populacij močvirskega okarčka Coenonympha oedippus na Krasu (ali Istri).

[27.1.2008] doc. dr. Janko Božič, katedra za etologijo OB: Teme s področja biologije in vedenja čebel

1. Spremembe v zibajočem plesu po zaužitju etanola v hrani; možni dve nalogi, poleg vedenjskega poskusa možna uporaba HPLC analize hemolimfe čebel in/ali računalniško podprta video-analiza gibanja čebel, nadaljevanje tovrstnih raziskav v sodelovanju z C. I. Abramson (OSU, ZDA), predvidoma bo poskuse izvajal tudi ameriški študent.
2. Velikost pelodnih zrn in prehajanje v medne zaloge; s poskusi hranjenja čebel ugotoviti, kako vpliva morebiti velikost pelodnih zrn na prisotnost v samem medu, ugotovljen velik delež drobnih pelodnih zrn spominčice proti majhnemu deležu pelodnih zrn regrata.
3. Raziskava vloge Koshevnikove žleze pri odgovoru čebel na srečanje z mravljo; vedenjski poskusi, po možnosti tudi meritve izločkov s plinsko kromatografijo, nadaljevanje pravkar končane naloge.
4. Motorična aktivnost tipalnic in jezička med učenjem čebel v laboratorijskih poskusih; uporaba video-analiznega sistema, predvsem za opazovanje vzburjenega stanja in iskalnega mahanja s tipalnicami in izražanje apetitnega vedenja z iztegom jezička pri uklenjeni čebeli.
5. Primerjava gradnje satja čebel in sršenov; predvsem podrobna video analiza vedenja (deloma računalniška) ob gradnji celic, obstajajo posnetki, vendar želimo narediti analizo na novih posnetkih, nujno poiskati sršenje gnezdo, razlike v materialu narekujejo različne možnosti gradnje šesterokotnih celic.

janko.bozicbf.uni-lj.si

[19.12.2007] Možnost izdelave diplomskih nalog v Laboratoriju za respiratorno mikrobiologijo Bolnisnice Golnik
Laboratorij za respiratorno mikrobiologijo Bolnisnice Golnik - KOPA ponuja možnost izdelave diplomskih nalog. Z delom naj bi se pričelo v začetku leta 2008. Možni naslovi:

1. Genotipizacija invazivnih pnevmokoknih izolatov pri bolnikih s pljučnico domačega okolja
2. Hitra diagnostika pljučnic povzročenih z bakterijo Streptococcus pneumoniae s pomočjo verižne reakcije s polimerazo iz respiratornih kužnin in imunokromatografskim testom v urinu
3. Tvorba biofilma pri izolatih bakterije Streptococcus pneumoniae osamljenih pri bolnikih s pljučnico domačega okolja in AE KOPB
4. Vpliv subinhibitornih koncentracij ciprofloksacina in tobramicina na tvorbo biofilma pri bakteriji Pseudomonas aeruginosa
5. Vpliv trimetoprim/sulfametoksazola na nastanek odpornosti MRSA proti mupirocinu

viktorija.tomicklinika-golnik.si

[9.10.2007] doc.dr. Metka Filipič, NIB: Vpliv ekstraktov pečenega mesa na poškodbe DNA in izražanje proteinov v človeških jetrnih celicah
Na oddelku za Genetsko toksikologijo in biologijo raka razpisujemo diplomsko nalogo za študente Biotehnične fakultete smeri biologija, mikrobiologija ali živilska tehnologija. Na oddelku diplomske naloge izvajamo v sklopu raziskovalnih projektov, zato je zaželena povprečna ocena nad 8. Raziskave v laboratoriju potekajo na bakterijskih in celičnih kulturah pri čemer uporabljamo sodobne metode fluorescentne mikroskopije, spektrometrije, pretočne citometrije, kot tudi molekularne biološke tehnike od RT-PCR do tehnologije mikromrež. Več o delu skupine in vsebinah raziskovalnega dela, si lahko ogledate na internetni strani: www.nib.si.
Trenutno je na voljo diplomska naloga z okvirnim naslovom: Vpliv ekstraktov pečenega mesa na poškodbe DNA in izražanje proteinov v človeških jetrnih celicah (mentor: doc.dr. Metka Filipič; metka.filipicnib.si).

[1.7.2007] prof. dr. Kristina Sepčič, Katedra za biokemijo OB: Protivegetativna aktivnost ekstraktov morskih spužev
Pritrjanje mikro- in makroorganizmov (predvsem školjk in rakov vitičnjakov) na podvodne površine predstavlja resen problem v industriji in pomorstvu, saj zmanjšuje hitrost plovil in povzroča škodo na potopljenih objektih. Zaščitni antivegetativni premazi, ki se uporabljajo za reševanje tega problema, vsebujejo večinoma aktivne snovi na osnovi kositra in bakra, ki so žal tudi toksični za različne vodne organizme. Evropska skupnost je že delno omejila uporabo premazov, ki vsebujejo kositer. Vse to je sprožilo raziskave na področju iskanja novih naravnih molekul z antivegetativnim učinkom. Raziskave so usmerjene predvsem v izolacijo takih naravnih snovi, ki imajo močne antivegetativne učinke, a le majhno toksičnost, in so dovolj enostavne, da se jih da pridobivati tudi s organsko sintezo.
Cilj diplomske naloge je analizirati potencialno protivegetativno aktivnost serije vodnih in organskih ekstraktov indopacifiških morskih spužev. Spužve so namreč bogat vir strukturno zanimivih in biološko aktivnih snovi. Stevilne med njimi imajo protivegetativne učinke, saj se tudi same morajo zaščititi pred naseljevanjem mikro- in makroorganizmov na lastno površino. Protivegetativna aktivnost in toksičnost ekstraktov bo testirana na ličinkah raka vitičnjaka Balanus amphitrite ter na nekaterih drugih tarčnih morskih in sladkovodnih planktonskih organizmih.
Zaradi velikega števila ekstraktov je naloga primerna za dva študenta (absolventa biologije ali mikrobiologije). Praktični del naloge bo potekal na katedri za biokemijo Oddelka za biologijo, BF (priprava ekstraktov) in na Inštitutu za raziskovanje morja v Genovi, Italija (testiranje protivegetativne aktivnosti in toksičnosti). Bivanje v Genovi bo potekalo v okviru programa Erasmus, in predvideva dve 3-mesečni bivanji za enega študenta v Italiji (eno pozimi in eno spomladi).
Zainteresirani kandidati naj se čimprej oglasijo pri Kristini Sepčič (kristina.sepcicbf.uni-lj.si) ali Tomu Turku (tom.turkbf.uni-lj.si) na katedri za biokemijo.

Nazaj | Na vrh strani